Das Untersuchungsmaterial kommt frisch zur Untersuchung. Nach dem Tiefgefrieren auf ca. -24°C können vom Gewebe dünne Schnitte von 6 bis 8 µm angefertigt werden. Anschliessend werden die Gewebeschnitte auf den Objektträgern gefärbt, mit Deckplättchen versehen und dem Pathologen zur mikroskopischen Diagnosestellung weitergeleitet. Bis zur Mitteilung an den operierenden Arzt vergehen etwa 15 bis 20 Minuten.
Das Gewebe wird nachträglich fixiert und wie ein Routineschnittpräparat aufgearbeitet.